A competição será realizada em turno único. As equipes disputarão a primeira fase em um sistema de pontos corridos em jogos só de ida, totalizando 7 rodadas na fase classificatória. Os quatro melhores colocados da fase garantem vaga na segunda fase. A equipe que tiver ficado em 8° lugar na classificação estará rebaixada para a Segunda Divisão de 2020.

A segunda fase do campeonato serão as semifinais. As quatro equipes classificadas jogarão as semifinais em jogos de ida e volta (1° Lugar X 4° Lugar e 2° Lugar X 3° Lugar), o mando de campo do segundo jogo serão das equipes que tiverem ficado em 1° e 2° Lugar na primeira fase. Os vencedores dos confrontos estarão classificadas para a terceira fase.

A terceira fase do campeonato será a final. As duas equipes classificadas jogarão as finais em jogos de ida e volta, o mando de campo do segundo jogo será da equipe que tiver o melhor índice técnico na competição. O vencedor dos confrontos será declarado campeão do Estadual de 2019.

Critérios de Desempate

Em todas as fases, os critérios de desempate serão usados na seguinte forma:

Maior número de pontos;
Maior número de vitórias;
Maior saldo de gols;
Maior número de gols marcados;
Maior número de pontos no confronto direto (inaplicável para empates com 3 ou mais equipes);
Maior saldo de gols no confronto direto (inaplicável para empates com 3 ou mais equipes);
Menor número de cartões vermelhos;
Menor número de cartões amarelos;
Sorteio.

Os dois primeiros colocados no Maranhense 2019 disputarão a Copa do Brasil de 2020. Já o campeão, além da Copa do Brasil, disputará a fase de grupos da Copa do Nordeste de 2020 e a Série D do Brasileiro de 2020. Caso o Sampaio Corrêa ou o Imperatriz vençam o campeonato, os melhores classificados abaixo disputarão a Série D 2020, uma vez que o Sampaio Corrêa e Imperatriz já disputam a Série C 2019.